Образовательно-воспитательный процесс осуществляют 44 педагога, 3 отличника народного просвещения, 6 почетных работника общего образования РФ, 4 кандидата наук, 2 доктора наук. В структуру центра входят 4 отдела:

эколого-краеведческий;
прикладной биологии;
культурно-досуговый;
научно-методический.

На базе Центра функционируют конноспортивный клуб «Фаворит» и детская кинологическая школа «Семь звезд».
В центре обучаются более 3089 воспитанников в 303 творческих объединениях. Образовательная деятельность осуществляется по 5 направлениям: эколого-биологическому, естественно-научному, туристско-краеведческому, физкультурно-спортивному и художественно-эстетическому.

Зав. отделом – Дедурина Галина Михайловна.
В эколого-краеведческий отдел входят творческие объединения:

• Азбука природы • Школа раннего развития «Росток»
• Школа раннего развития «Родничок»
• Здрав ствуй, малыш!
• Здоровье
• Мое здоровье
• Юный зоолог
• Планета загадок
• Природа и творчество
• Природа и человек
• Юный эколог
• Юный краевед
• Я – астраханец
• Юные туристы- краеведы
• Школа юных туристов и краеведов
• Школа природолюбия
• Школа природоведения
• Экологический театр
• Познай себя
• Экология животных
• Экология человека
• Юный микробиолог
• Школа морских экологов
• Региональный экологический мониторинг
• Юный кинолог
• Водная экология
• Экологическая лингвистика

 Занятия творческих объединений этого отдела позволяют углубить знания детей о многообразии флоры и фауны Астраханской области, взаимосвязи организмов с окружающей средой, формируют глубокие знания по экологии, биологии, прививаются навыки по ходу за растениями и животными. На занятиях вырабатывается интерес к природе, истории родного края. Ребята учатся вести фенологические наблюдения за природными объектами. Проводят исследования по водной экологии, микробиологии, мониторинговые исследования и наблюдения за окружающей средой. На занятиях школьники получают валеологические знания, знакомятся с основами здорового образа жизни и учатся следовать ему.

Зав. отделом – Гаврилова Наталья Геннадьевна.
В отделе прикладной биологии входят творческие объединения:

1. «Школа природоведения»
2. «Школа природолюбия»
3. «Природа и человек»
4. «Природа и фантазия»
5. «Природа и творчество»
6. «Юный натуралист»
7. «Юный кинолог»
8. «Основы доврачебной помощи»
9. «Игровая экология для детей 6 – 10 лет»
10. «Поводья жизни»
11. «Основы конного спорта»
12. «Основы верховой езды»
13. «Гармония: природа, человек, танец»
14. «Азбука фермера»

Занятия по программам художественно – эстетического направления развивают творческие способности и дарования детей и прививают художественные и жизненно – необходимые навыки. Обучение в творческих объединениях натуралистического направления развивают в детях интерес к изучению животных и растений ближайшего окружения, формируют у обучающихся ценностное и ответственное отношение к природе, людям, собственному здоровью, а также воспитывают культуру природолюбия. Также занятия в наших творческих объединениях является отличным стимулом к приобщению детей и молодежи к здоровому образу жизни, поскольку спортивное собаководство и коневодство, это отличные виды спорта, сочетающие в себе научные знания и физическую подготовку. Способствуют повышению уровня экологической культуры, развитию гуманного отношения к живой природе. На занятиях дети получают необходимые сведения о биологическом строении, различных пород собак и лошадей. Изучат основы дрессировки, получат навыки обращения, ухода за животными. Получат начальную подготовку в области кинологии и основ верховой езды. Фермерское подворье ЭБЦ (козы, свиньи, верблюд, бараны, куры, цесарки гуси, индюки) позволяет детям успешно усвоить начальную подготовку по животноводству, необходимую для грамотного выполнения работ в личном хозяйстве. Ребята изучают виды и породы животных, их особенности, общие представления о разведении животных, видах кормов.

Зав. отделом – Ченина Наталья Николаевна.
В культурно-досуговый отдел входят творческие объединения:

1. «Школа природоведения».
2. «Природа и фантазия»
3. «Экологический театр»
4. «Юный кинолог»
5. «Природа и творчество»
6. «Гармония»
7. «Игровая экология»
8. «Игровая экология для дошкольников»
9. «Юный следопыт»
10. «Природа и фантазия»

Зав. отделом – Васильева Галия Абдул-Касымовна.
В составе отдела 4 методиста.

Методист по научно - исследовательской и опытно - эксперементальной деятельности.
Методист по программно - методическому и информационному обеспечению.
Методист эколого- биологической направленности.
Методист по мониторингу и маркетинговой деятельности.

Отдел ведёт научно-исследовательскую, инновационную деятельность, оказывает помощь педагогам в создании и освоении образовательных программ и педагогических технологий; разрабатывает и рецензирует учебно-методическую документацию; оказывает консультативную и практическую помощь педагогам центра, города и области; организует и проводит конференции, семинары; изучает и обобщает передовой педагогический опыт. Для педагогов города и области разных типов образовательных учреждений организуетcя Школа научно исследовательской деятельности, областные методические объединения.